Dans l'attente d'une restructuration complète de l'établissement, seules les oeuvres d'Henri Martin sont habituellement exposées en permanence.
Les autres salles s'animent au rythme des saisons pour permettre la (re)-découverte des collections à travers l'histoire du musée et accueillir les expositions temporaires explorant l'image de la ville et du Lot ou présentant les artistes majeurs présents dans le Quercy.

L'année 2012 a été particulièrement riche pour le musée de Cahors : réception d’une importante collection d’art dogon constituée par Alain Bilot (chefs d’œuvre de la statuaire Dogon – masques, figures d’ancêtres, objets cultuels), acquisition de 16 toiles d’Henri Martin qui résonnent avec les paysages connus de Labastide-du-Vert et de Saint-Cirq-Lapopie ainsi que dépôt de 5 autres par le musée d’Orsay et le musée des Beaux-Arts de Reims.

Le musée de Cahors conserve dans ses collections environ 18000 objets et documents qui intéressent l'archéologie, l'ethnographie extra-européenne, l'histoire, l'histoire de l'Art et l'art contemporain.

Le musée est fermé lors des rotations d'expositions (renseignement sur les périodes de fermeture exceptionnelles au 05.65.20.88.66.).