Le musée est consacré à l'histoire religieuse et intellectuelle de la France à travers le destin de sa minorité protestante. La religion y est présentée non seulement dans ses aspects confessionnels mais aussi comme une culture qui apporte une meilleure compréhension de la vision du monde.

Le Musée possède également un fonds d'environ 14 000 livres, revues, iconographies et documents et il met à la disposition des internautes les listes "éclairs" de toute sa base de généalogie.

Enfin, le Musée organise tous les ans des animations printanières et des "estivales" (marches découvertes, conférences, etc.)

Le Musée s'est installé depuis août 2010 dans un nouveau bâtiment avec un parcours pour les visiteurs renouvelé.