La fouille du site d’Aurignac a eu lieu en 1860.
Edouard Lartet découvre des outils en bois de renne, en silex, des restes d’animaux dont l’espèce est éteinte, avec les cendres d’un foyer qui ont noirci le sédiment. Juste au-dessus, dans la petite cavité, des squelettes humains avaient été exhumés puis replacés dans le cimetière du village. C’est grâce à ces deux faits que la démonstration de l’existence de l’homme préhistorique est établie définitivement, et que la Préhistoire devient une science.

100 ans plus tard, les fêtes du centenaire réunissent les savants du monde entier à Aurignac, devenu entre temps le site éponyme – c’est-à-dire qui donne son nom – d'une période de la Préhistoire celle de l’AURIGNACIEN.
Germe alors dans l’esprit du curé du village, A. Algans, l’idée de la création d’un musée. Au terme de 9 années de lutte, l’abbé peut inaugurer le musée, en 1969.

40 ans plus tard, ce bâtiment vétuste doit être remplacé et agrandi. Ainsi commence une deuxième vie pour l’établissement.