Créé en 1852 par la Ville de Montauban à l’initiative d’une Société savante, le Musée d’Histoire Naturelle ouvre ses portes en 1854. Il présente alors des collections d’animaux naturalisés et de minéraux réunies par des érudits locaux.
Au cours du temps, les collections se sont enrichies et diversifiées : le musée présente actuellement une importante collection d’oiseaux d’Europe et du monde, ainsi que des Mammifères (singes, éléphants, lion, tigre, kangourous, etc.), des Poissons, des Reptiles, de nombreuses coquilles marines et terrestres… Dans la collection de Paléontologie régionale se distingue une importante série de fossiles des Phosphorites du Quercy (de –50 à –15 millions d’années). Enfin, une petite collection de Minéralogie comporte un fragment de la météorite d’Orgueil, d’un intérêt exceptionnel pour l’histoire de notre système solaire.